Những ý kiến tâm huyết của đoàn viên thanh thiếu niên cơ sở đã được các đại biểu đưa ra, cùng thảo luận và thông qua thành chương trình hành động. Và điểm nhấn xuyên suốt trong những ngày diễn ra Đại hội, đó là phản ánh được “hơi thở” của đoàn viên thanh thiếu niên cả nước. Đại hội đã bầu Ban chấp hành T.Ư Đoàn khoá IX gồm 145 đồng chí có đủ tiêu chuẩn, nhiệt huyết và uy tín trong thanh niên, tiêu biểu cho tuổi trẻ cả nước, gánh vác trọng trách to lớn mà cán bộ, đoàn viên, thanh niên cả nước giao phó. Trong phiên họp lần thứ nhất, Ban chấp hành đã bầu Ban Thường vụ, Ban Bí thư T.Ư Đoàn và Uỷ ban Kiểm tra T.Ư Đoàn. Đại diện T.Ư Đoàn cũng cho biết các đại biểu dự Đại hội mong muốn và tin tưởng mỗi thành viên và toàn thể Ban Chấp hành T.Ư khoá IX đoàn kết một lòng, ra sức rèn luyện, phấn đấu về mọi mặt, lãnh đạo toàn Đoàn và tuổi trẻ cả nước thực hiện thắng lợi Nghị quyết Đại hội đã đề ra. TS. Nguyễn Đắc Vinh - Bí thư BCH Đoàn ĐHQGHN đã vinh dự được bầu vào Ban Thường vụ T.Ư Đoàn khoá IX gồm 27 thành viên.