Đến nay, chương trình đã được tiến hành trên nhiều địa phương tại miền Bắc và đã thu được những kết quả đáng kể. Với mục tiêu của chương trình là xây dựng một hệ thống dữ liệu tương đối toàn diện, bằng phương pháp khu vực học và phương pháp liên ngành, kết hợp với sử dụng một số phương tiện kỹ thuật hiện đại, các nhà khoa học mong muốn tạo dựng một không gian tự nhiên, văn hoá, xã hội của đồng bằng Bắc Bộ, một vùng quan trọng trong bản đồ phân vùng Việt Nam học…

Theo kế hoạch được thống nhất giữa Bộ Giáo dục Nhật Bản và Viện Việt Nam học và Khoa học Phát triển trong giai đoạn 2005 - 2008, chương trình sẽ thực hiện nghiên cứu về vấn đề “Lịch sử khai khẩn vùng ven biển đồng bằng châu thổ sông Hồng”. Địa bàn nghiên cứu chủ yếu dự kiến tại các tỉnh Ninh Bình, Thái Bình, Nam Định và một số tỉnh lân cận.

Ngày 21/12/2005, đoàn nghiên cứu do PGS.TS Nguyễn Quang Ngọc, Viện trưởng Viện Việt Nam học và Khoa học Phát triển, làm Trưởng đoàn và PGS. Yao Takao, Đại học Quốc gia Hiroshima (Nhật Bản), làm Phó trưởng đoàn đã triển khai kế hoạch năm 2005 tại địa bàn tỉnh Ninh Bình. Tham gia đoàn ngoài các nhà khoa học Việt Nam còn có 8 thành viên là các nhà khoa học đến từ Nhật Bản. Đợt nghiên cứu diễn ra vào ba tuần cuối năm 2005 - đầu năm 2006.

Các hoạt động chính của đoàn hướng vào hai nội dung lớn:

Thứ nhất: Đối chiếu tư liệu và thực địa. Trên cơ sở đối chiếu giữa tư liệu cổ đã khai thác từ trước với thực địa đã xác định và đính chính một số địa danh; cập nhật những thay đổi về địa danh hành chính mới; định vị địa danh cũ theo địa danh hành chính hiện thời.

Thứ hai: Thu thập tư liệu mới, tư liệu văn bản cổ, tư liệu hồi cố, tư liệu văn hóa dân gian.

Đoàn đã được các địa phương cung cấp một số tư liệu mới về lịch sử, văn hoá, truyền thống địa phương như các ấn phẩm về Lịch sử Đảng bộ xã, Lịch sử văn hoá, truyền thống, con người.

Đoàn cũng đã thu thập được một số lượng khá phong phú về số lượng, đa dạng về loại hình tư liệu văn bản cổ. Đặc biệt là các tư liệu, văn bản cổ bằng chữ Hán phản ánh quá trình lịch sử khai khẩn tại các địa bàn nghiên cứu trên phạm vi tỉnh Ninh Bình như: văn bia, sắc phong, thần tích, thần phả, tục lệ, hương ước, gia phả...

Về tư liệu hồi cố, đoàn đã tiến hành phỏng vấn những người cao tuổi, những người hiểu biết về lịch sử làng xã tại các địa phương nhằm bổ sung, kiểm chứng các thông tin còn thiếu hoặc chưa rõ ràng mà tài liệu văn bản chưa đề cập hoặc chưa khai thác được.

Bên cạnh đó, công tác thu thập bổ sung một số tư liệu văn hoá dân gian dạng truyền miệng như truyền thuyết, tục ngữ, hò vè, ca dao về lịch sử, quá trình hình thành làng xã, các phong tục tập quán địa phương cũng đã được đoàn tích cực tiến hành.

Với kinh nghiệm chuẩn bị, tổ chức nghiên cứu điền dã lâu năm, được sự cộng tác nhiệt tình và hiệu quả UBND tỉnh, ban lãnh đạo và các cán bộ chuyên môn của Sở Văn hoá Thông tin tỉnh Ninh Bình cùng các ban ngành chức năng liên quan trong tỉnh, chương trình làm việc tại Ninh Bình của đoàn đã kết thúc tốt đẹp. Về cơ bản, chương trình làm việc đã được tiến hành theo đúng kế hoạch dự kiến. Một số thay đổi nhỏ về chi tiết theo gợi ý của các địa phương để phù hợp với thực tế và địa bàn địa lý đã được áp dụng và thu được những kết quả đáng kể. Đặc biệt trong dịp này, các thành viên trong đoàn đã được tham gia trực tiếp nhiều lễ hội, nghi thức dân gian, tham quan hơn 50 di tích lịch sử văn hoá liên quan đến vấn đề sưu tầm, số hoá hàng trăm văn bản cổ, đặc biệt là 50 bia đá cổ...