Chương trình đào tạo Thạc sĩ Quản trị trường học được xây dựng trên cơ sở tham khảo chương trình đào tạo Thạc sĩ Quản trị trường học của một số trường đại học Hoa Kỳ như ĐH Bắc Carolina, ĐH CampBell, ĐH Bang California, ĐH Bang Mississippi… dưới sự tham gia tư vấn xây dựng chương trình của các giáo sư đến từ Trường ĐH California State, Long Beach, Hoa Kỳ (CSULB).

Chương trình đào tạo Thạc sĩ Quản trị trường học thuộc ngành Quản lí giáo dục (QLGD). Đây là chương trình được kế thừa kinh nghiệm đào tạo Thạc sĩ ngành QLGD hiện hành của Trường ĐH Giáo dục nhưng có những khác biệt cơ bản. Chương trình sẽ cung cấp kiến thức chuyên sâu về việc vận hành một cơ sở giáo dục trong xu thế hội nhập quốc tế, tham gia xây dựng và thực hiện các dự án liên quan đến giáo dục nhưng vẫn đảm bảo được đào tạo đầy đủ năng lực nghiên cứu.

Theo học chương trình, người học được nâng cao năng lực lãnh đạo, năng lực quản lí, thích ứng tốt với những đổi mới và phát triển giáo dục Việt Nam và thế giới; có ý thức cao về trách nhiệm nghề nghiệp và nguyên tắc đạo đức của người làm công tác quản trị trường học; có những kĩ năng lãnh đạo, ra quyết định, làm việc nhóm, làm việc độc lập và kĩ năng nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực quản trị trường học. Học viên có thể tiếp tục nghiên cứu để giảng dạy chuyên sâu về quản lý giáo dục ở bậc đại học hoặc tiếp tục tham gia đào tạo ở bậc tiến sĩ ở trong và ngoài nước về chuyên ngành quản lý giáo dục.

Học viên tốt nghiệp có kiến thức tổng hợp liên ngành về quản trị trường học và quản lý giáo dục, có các kỹ năng quản lý và lãnh đạo, được trải nghiệm thực tế tại các cơ sở giáo dục tại Việt Nam. Ngoài ra, học viên có cơ hội học tập và nghiên cứu với các giảng viên quốc tế tại Việt Nam hoặc trường đại học ở các nước trong khu vực và trên thế giới.

Tham gia giảng dạy, hướng dẫn chương trình là đội ngũ giảng viên là các nhà khoa học có học vị từ tiến sĩ trở lên đã có các công bố quốc tế liên quan đến chuyên ngành đào tạo; các chuyên gia hàng đầu tại Việt Nam trong lĩnh vực quản trị trường học, quản lý giáo dục trực tiếp giảng dạy. Bên cạnh đội ngũ giảng viên uy tín trong nước, chương trình còn có các buổi seminar, báo cáo chuyên đề do các giảng viên nước ngoài đến từ các trường đại học danh tiếng trên thế giới đảm nhận.

Tham gia chương trình, học viên có cơ hội học hỏi, chia sẻ kinh nghiệm trực tiếp từ các nhà lãnh đạo, quản lý thành công trong các cơ sở giáo dục và đào tạo, các cơ quan quản lý nhà nước về lĩnh vực giáo dục. Chương trình sẽ tổ chức định kỳ các hội thảo chuyên môn gắn với nội dung đào tạo. Các chủ đề hội thảo là các vấn đề mới, thời sự có liên quan trực tiếp đến chương trình đào tạo với báo cáo viên là các chuyên gia giàu kinh nghiệm thực tiễn.

Chương trình đầu tư mua hệ thống giáo trình đang được sử dụng tại các trường đại học tiên tiến trên thế giới. Học liệu được cung cấp miễn phí cho học viên. Ngoài ra, học viên có thể tham khảo các tài liệu tại Trung tâm Thông tin - Thư viện của ĐHQGHN với hàng trăm nghìn tài liệu dùng chung cho các ngành đào tạo và tài liệu phục vụ các chương trình giáo dục khối ngành quản lý giáo dục và quản trị trường học.

Trong chương trình đào tạo, học phần bắt buộc gồm có: Phương pháp nghiên cứu khoa học giáo dục, Quản lí quá trình dạy học trong nhà trường, Lãnh đạo và quản lí trường học, Quản lí và kiểm định chất lượng giáo dục, Quản trị nguồn nhân lực trong trường học, Quản trị tài chính trong trường học, Quản trị dự án trong trường học. Học phần tự chọn gồm: Tâm lí học ứng dụng trong quản lí giáo dục, Tinh thần khởi nghiệp trong nhà trường, Quản lí cơ sở  vật chất và thiết bị trong giáo dục, Quản trị thương hiệu trường học, Phát triển văn hóa lãnh đạo nhà trường, Quan hệ công chúng trong trường học, Quản trị chiến lược trong trường học, Đo lường và đánh giá trong giáo dục,…