Chương trình đào tạo thạc sỹ liên kết về quản lý hệ thống thông tin giữa hai trường được bắt đầu từ năm 2007. Các học viên sẽ hoàn thành chương trình đào tạo trong 2 năm và bằng do ĐH Shu-Te cấp. Đến nay, chương trình đã thu hút được 130 học viên theo học, trong đó có 29 học viên khóa 1 đã hoàn thành chương trình đào tạo và được cấp bằng.

Trong những năm qua, sự hợp tác giữa ĐHQGHN và ĐH Shu-Te đã đạt được nhiều kết quả tốt đẹp. Theo GS.TS Nguyễn Hữu Đức, những chương trình đào tạo liên kết như thế này đã đóng góp tích cực vào sự phát triển quan hệ hợp tác quốc tế trong giáo dục và đào tạo của ĐHQGHN nói chung và Trường ĐH Giáo dục nói riêng.