1. Họ và tên nghiên cứu sinh: Trần Diệu Linh                     

2.Giới tính: Nữ

3. Ngày sinh:     08/08/1982                                                       

4. Nơi sinh: Hà Nội

5. Quyết định công nhận nghiên cứu sinh: Số 4374/QĐ-KHTN-CTSV ngày 03/12/2012 của Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên.

6. Các thay đổi trong quá trình đào tạo: 

- Điều chỉnh tên đề tài, cán bộ hướng dẫn luận án tiến sĩ: Quyết định số 5678/QĐ-ĐHKHTN ngày 19/12/2014 của Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên.

- Quyết định gia hạn số 741/QĐ-ĐHKHTN ngày 31/3/2016 và số 1034/QĐ-ĐHKHTN ngày 25/4/2017 của Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên.

7. Tên đề tài luận án: Nghiên cứu ở mức độ phân tử khả năng kháng carbapenem của một số vi khuẩn Gram âm phân lập từ bệnh nhân tại Bệnh viện Việt Đức và Bệnh viện Trung ương Quân đội 108

8. Chuyên ngành: Vi sinh vật học                                      

9. Mã số: 62 42 01 07

10. Cán bộ hướng dẫn khoa học:           Hướng dẫn chính: GS.TS Đặng Đức Anh           

                                                            Hướng dẫn phụ: GS.TS Phạm Văn Ty

11. Tóm tắt các kết quả mới của luận án:

Kết quả chính và kết luận

v Đã phát hiện được các loại gen mã hóa carbapenemase và các biến thể mới của những gen này ở các chủng vi khuẩn E. coli, K. pneumoniae, A. baumannii kháng carbapenem phân lập tại Bệnh viện Việt Đức và Bệnh viện Trung ương Quân đội 108:

-          Có 431/622 chủng vi khuẩn (chiếm 69,3%) mang ít nhất một gen mã hoá carbapenemase nhóm A, B và D;

-          Gen bla_OXA-23 phổ biến nhất nhưng chỉ giới hạn ở các chủng A. baumannii trong khi gen bla_NDM-1 đã phát tán ở cả 3 loại vi khuẩn nghiên cứu;

-          Lần đầu phát hiện một số biến thể của các gen mã hoá carbapenemase ở Việt Nam: bla_NDM-6, bla_NDM-9, bla_OXA-181;

-          Trên 90% chủng mang gen mã hoá carbapenemase có khả năng sinh enzyme carbapenemase.

v Đã xác định được một số đặc điểm phân tử của các chủng vi khuẩn mang gen mã hoá carbapenemase phân lập tại 2 bệnh viện nghiên cứu:

-          Có sự tương đồng về kiểu gen của các chủng vi khuẩn mang gen mã hoá carbapenemase trong cùng 1 khoa, giữa các khoa khác nhau và giữa các năm khác nhau;

-          Xuất hiện nhiều dòng vi khuẩn kháng đang lưu hành và gây dịch tại các quốc gia trong khu vực và thế giới tại các bệnh viện lớn của Hà Nội như E. coli ST101, ST38; K. pneumoniae ST15, ST11, ST307 bên cạnh các dòng vi khuẩn kháng được ghi nhận lần đầu ở Việt Nam như E. coli ST48, ST709, ST448; K. pneumoniae ST1, ST391;

-          Các gen mã hóa carbanemase nhóm A, B, D nằm trên plasmid có kích thước và phân loại khác nhau: bla_KPC-2 (nằm trên plasmid 55 kb, nhóm IncF); bla_NDM-1 nằm trên plasmid có kích thước dao động từ 45-170 kb, nhóm IncF; và bla_OXA-48 nằm trên plamsid 60 kb thuộc nhóm IncL/M. Các plasmid này có thể được truyền giữa các chủng vi khuẩn thông qua tiếp hợp in vitro với tỉ lệ truyền thành công là 20%.

-          Mô hình cấu trúc của các yếu tố di truyền di động mang gen mã hoá carbapenemase tại Việt Nam với các gen bla_KPC-2 và bla_NDM-1 khá đa dạng nhưng với các gen bla_IMP-1, bla_OXA-48 và bla_OXA-23 lại chỉ ghi nhận 1 mô hình. Các mô hình này có nhiều điểm tương đồng với các nước trong khu vực và trên thế giới, cho thấy khả năng lây lan nhanh chóng của các chủng kháng thông qua tái tổ hợp và truyền gen ngang. 

Những đóng góp mới

- Là nghiên cứu có hệ thống đầu tiên ở Việt Nam áp dụng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen của vi khuẩn để xác định cơ chế kháng carbapenem ở mức độ phân tử bằng con đường sinh tổng hợp enzyme carbapenemase của một số chủng vi khuẩn Gram âm gây nhiễm trùng phổ biến phân lập từ mẫu bệnh phẩm lâm sàng.

- Kết quả nghiên cứu bước đầu cho thấy mối liên hệ về kiểu gen, sequence type giữa các chủng vi khuẩn kháng carbapenem trong nghiên cứu này với các chủng vi khuẩn kháng carbapenem trên thế giới, qua đó cung cấp các thông tin hữu ích về nguồn gốc và sự lây lan của các chủng vi khuẩn Gram âm kháng carbapenem tại các địa điểm nghiên cứu. 

- Nghiên cứu đầu tiên về đặc điểm phân tử của các plasmid và yếu tố di truyền di động mang gen mã hoá carbapenemase.

12. Khả năng ứng dụng thực tiễn:

- Kết quả nghiên cứu này giúp bổ sung các thông tin quan trọng về cơ chế kháng phổ biến nhất là sinh enzyme carbapenemase ở mức độ phân tử, sự lây lan của các chủng vi khuẩn Gram âm kháng carbapenem theo cơ chế này tại Việt Nam và mối liên hệ với các chủng vi khuẩn kháng carbapenem trên thế giới, làm cơ sở khoa học để đưa ra các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn hiệu quả trong bệnh viện, đồng thời góp phần giảm gánh nặng và nguy cơ lan truyền vi khuẩn kháng thuốc ra ngoài cộng đồng.

- Đề tài nghiên cứu là công trình đầu tiên có hệ thống, nghiên cứu sâu về cơ chế kháng kháng sinh carbapenem ở mức độ phân tử, hướng tới giải quyết các vấn đề khoa học có tính thời sự cao hiện nay.

13. Các hướng nghiên cứu tiếp theo:                  

- Tiếp tục nghiên cứu các cơ chế kháng carbapenem khác ở vi khuẩn Gram âm như mất lỗ màng hay bơm đẩy.

- Nghiên cứu đặc điểm cấu trúc hoàn chỉnh của các plasmid mang gen kháng và cơ chế điều hoà, biểu hiện các gen kháng ở những plasmid này sử dụng công nghệ giải trình tự gen Nanopore MinION.

- Đánh giá thực trạng kháng kháng sinh trong môi trường và cộng đồng.

14. Các công trình công bố liên quan đến luận án:

[1] Trần Diệu Linh, Nguyễn Hoài Thu, Trần Như Dương, Trần Vân Phương, Phạm Duy Thái, Nguyễn Hiệp Lê Yên, Đặng Đức Anh, Đinh Duy Kháng, Trịnh Hồng Sơn, Phạm Văn Ty, Nguyễn Bình Minh, Trần Huy Hoàng (2016), "Escherichia coli mang gen bla_KPC-2 phân lập tại Bệnh viện Việt Đức năm 2010-2012", Tạp chí Y học Việt Nam 443(6), tr. 70-73.

[2] Nguyễn Hoài Thu, Trần Diệu Linh, Nguyễn Thị Tuyết Mai, Phạm Duy Thái, Trần Vân Phương, Nguyễn Hiệp Lê Yên, Trần Như Dương, Đặng Đức Anh, Nguyễn Bình Minh, Đinh Duy Kháng, Phạm Văn Ty, Trần Huy Hoàng (2016), "Một số đặc điểm dịch tễ học nhiễm khuẩn bệnh viện có nguyên nhân từ các chủng vi khuẩn đường ruột sinh KPC kháng carbapenem phân lập tại các bệnh viện Hà Nội", Tạp chí Y học Việt Nam 444(7), tr. 148-152.

[3] Nguyễn Hoài Thu, Trần Diệu Linh, Nguyễn Thị Tuyết Mai, Phạm Duy Thái, Trần Vân Phương, Nguyễn Hiệp Lê Yên, Trần Như Dương, Đặng Đức Anh, Nguyễn Bình Minh, Đinh Duy Kháng, Phạm Văn Ty và Trần Huy Hoàng (2016), "Tỷ lệ vi khuẩn mang gen mã hóa tính kháng Extended-β-lactamases (ESBLs) trên các chủng vi khuẩn đường ruột kháng carbapenem mang gen bla_KPC-2 phân lập tại các bệnh viện", Tạp chí Y học dự phòng, 26(7), tr. 27-33.

[4] Trần Diệu Linh, Nguyễn Thị Kim Phương, Phạm Duy Thái, Nguyễn Thanh Thuỷ, Đặng Đức Anh, Trần Như Dương, Phạm Văn Ty, Phan Quốc Hoàn, Lê Văn Hưng, Trần Huy Hoàng (2018), "Sự lan truyền của vi khuẩn Gram âm mang gen mã hoá enzyme carbapenemase phân lập tại bệnh viện Trung ương Quân đội 108 trong giai đoạn từ 2014 đến 2015", Tạp chí Y học dự phòng, 28(1), tr. 45-52.