|
1. Họ và tên : Nguyễn Viết Đức 2.Giới tính: Nam 3. Ngày sinh:24/06/1984 4. Nơi sinh: Hà Nội 5. Quyết định công nhận nghiên cứu sinh: 4982/QĐ-ĐHKHTN ngày 27/11/2013 của Hiệu trưởng trường Đại học Khoa học tự nhiên. 6. Các thay đổi trong quá trình đào tạo: Quyết định gia hạn số 1033/QĐ-ĐHKHTN ngày 25/4/2017 và số 597/QĐ-ĐHKHTN ngày 06/3/2018 của Hiệu trưởng trường Đại học Khoa học Tự nhiên. 7. Tên đề tài luận án: Ứng dụng các phương pháp lý thuyết và mô phỏng vật lý thống kê để nghiên cứu tương tác tĩnh điện của hệ các phân tử ADN. 8. Chuyên ngành: Vật lý lý thuyết và Vật lý toán 9. Mã số: 9440130.01 10. Cán bộ hướng dẫn khoa học: PGS. TS. Nguyễn Thế Toàn; PGS. TS. Nguyễn Vũ Nhân 11. Tóm tắt các kết quả mới của luận án: - Giải thích định tính hiện tượng đảo dấu điện tích của đại phân tử sinh học và hiện tượng hút nhau giữa các đại phân tử sinh học, bằng cách giải phương trình trường trung bình với giả thiết các ion ngưng tụ trên bề mặt đại phân tử sinh học tạo thành một chất lỏng tương quan mạnh. - Xây dựng và thực hiện phương pháp mô phỏng Monte Carlo chính tắc lớn cho dung dịch nhiều muối. - Khảo sát tương tác hiệu dụng của các phân tử ADN, áp suất thẩm thấu, phân bố các loại ion khác nhau trong hệ mạng lục giác ADN. Kết quả khớp định tính và định lượng với các nghiên cứu thực nghiệm của virut ADN. - Chỉ ra được rằng trạng thái khử proton của các amino acid cysteine trong cấu trúc ngón tay kẽm là cần thiết cho việc bám ADN của các protein chứa cấu trúc này. 12. Khả năng ứng dụng thực tiễn: Có khả năng dùng làm mô đun chuyên dụng cho mô phỏng và thiết kế thuốc thế hệ mới theo cách tiếp cận tính toán đa tỷ lệ. 13. Các hướng nghiên cứu tiếp theo: – Tích hợp phương pháp mô phỏng Monte Carlo chính tắc lớn vào các phần mềm mô phỏng đa tỷ lệ cho các hệ sinh y dược phân tử. – Khảo sát các hiệu ứng tương phản điện môi; vai trò kích cỡ của đồng ion; hoàn thiện thuật toán mô phỏng Monte Carlo chính tắc lớn cho các dạng ion hình dạng khác nhau phức hợp; mở rộng cho hệ protein. 14. Các công trình công bố liên quan đến luận án: [1]. Viet Duc Nguyen, Toan T. Nguyen and Paolo Carloni (2017), “DNA like-charge attraction and overcharging by divalent counterions in the presence of divalent co-ions”, Journal of Biological Physics, 43(2), pp. 185–195. [2]. Nguyen V Duc, Toan T Nguyen (2017), “Grand–Canonical Monte–Carlo simulation of DNA condensation in equilibrium with a salt mixture containing 2:2 salt”, Journal of Physics: Conf. Series, 865, pp. 012010. [3]. Duc Viet Nguyen, Toan T. Nguyen (2019), “Size effect in Grand-canonical Monte-Carlo simulation of solutions of electrolyte”, VNU Journal of Science: Mathematics and Physics, 35(2), pp. 13–21. [4]. Nguyen Viet Duc, Ly Hai Nguyen, Hien T. T. Lai, Toan T. Nguyen (2019) “Computational study of the effect of protonation states of PSA protein zinc fingers on its DNA binding”, Journal of Physics: Conf. Series, 1274, pp. 012002. [5]. Nguyen Vu Nhan, Nguyen Viet Duc, Toan T. Nguyen (2019) “The phenomena of charge inversion and effective attraction between the spherical macromolecules in electrolyte solvent”, Scientific journal of Hanoi Metropolitan University 35, pp. 42–53.
|
