Trong thực tế, giữa nghiên cứu liên ngành và khu vực học có mối liên quan mật thiết với nhau. Khó có thể triển khai nghiên cứu liên ngành nếu không quan tâm đến nghiên cứu khu vực và không thể nghiên cứu khu vực nếu không tiếp cận liên ngành. Thành thử nghiên cứu khu vực lại trở thành phương pháp chủ đạo cho Việt Nam học liên ngành. Tất nhiên khu vực ở đây phải được quan niệm và nhìn nhận một cách linh hoạt, chủ yếu theo không gian văn hoá - xã hội, và trên toàn đất nước Việt Nam, không có một không gian văn hoá - xã hội nào quan trọng đối với Viện của chúng tôi như khu vực Hà Nội. Vì thế, việc tìm kiếm cho mình một thế đứng trong các chương trình nghiên cứu về Hà Nội được coi là nhiệm vụ trọng tâm của Viện ngay từ ngày đầu thành lập.

Điều may mắn là Viện chúng tôi được sinh thành vào thời điểm cả nước đang chuẩn bị kỷ niệm 1000 năm Thăng Long - Hà Nội, nên có nhiều cơ hội thuận lợi khai thác các chương trình nghiên cứu khoa học và tổng hợp, xuất bản về Hà Nội.

Trong mảng nghiên cứu tập trung trong chương trình khoa học cấp Nhà nước KX.09: “Nghiên cứu phát huy điều kiện tự nhiên, kinh tế, xã hội và giá trị lịch sử - văn hoá 1000 năm Thăng Long - Hà Nội, phục vụ sự phát triển toàn diện Thủ đô”, chúng tôi đã chủ động xây dựng và đấu thầu thành công 2 đề tài khoa học cấp Nhà nước trong chương trình này là: “Thăng Long - Hà Nội với vai trò trung tâm chính trị, hành chính của đất nước - Những bài học về quản lý và phát triển” (KX.09.02) và “Giáo dục và đào tạo của Thăng Long - Hà Nội: Định hướng phát triển giáo dục và đào tạo của Thủ đô trong thời kỳ công nghiệp hoá, hiện đại hoá” (KX.09-07). Bên cạnh đó, chúng tôi còn được tín nhiệm phụ trách nhiều đề tài nhánh khác trong hệ thống các đề tài của Chương trình như đề tài KX.09.03 về đối ngoại Thăng Long - Hà Nội (do Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn chủ trì); KX.09.06 về kinh tế hàng hoá Thăng Long - Hà Nội (do Trường Đại học Kinh tế Quốc dân chủ trì); KX.09.08 về phát triển khoa học và trọng dụng nhân tài Thăng Long - Hà Nội (do Trung tâm Thông tin Khoa học và Công nghệ Quốc gia chủ trì); KX.09.11 về những phẩm chất và nhân cách đặc trưng của người Thăng Long - Hà Nội (do Ban Khoa giáo Trung ương chủ trì)...

Mảng tổng hợp, xuất bản tập trung trong Dự án điều tra sưu tầm tư liệu biên soạn và xuất bản tủ sách Thăng Long nghìn năm văn hiến. Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển được giao chủ trì Đề án điều tra, sưu tầm tư liệu về Thăng Long - Hà Nội và chịu trách nhiệm tổ chức các sách địa lý và lịch sử của Dự án với tổng số khoảng trên 30 đầu sách về Thăng Long - Hà Nội. Cho đến nay, Viện và các cán bộ của Viện đã cơ bản hoàn thành hoặc đang tập trung xây dựng bản thảo một số công trình chính phục vụ kỷ niệm 1000 năm Thăng Long - Hà Nội như “Lịch sử Thăng Long - Hà Nội”; “Địa chí Cổ Loa”; “Địa bạ Hà Nội”; “Atlas Thăng Long - Hà Nội”…

Đồng thời với hai mảng công việc này, Viện còn được Thành phố giao cho các đề tài nghiên cứu “Xây dựng bộ Bản đồ Thăng Long - Hà Nội”, “Khảo sát dấu tích thành cổ Thăng Long - Hà Nội”... Trên quy mô cấp Viện, chúng tôi cũng mở thêm một hệ thống các đề tài nghiên cứu tổng thể địa lý tự nhiên, dân cư, lịch sử, kinh tế, xã hội và văn hoá khu vực Hồ Tây (thuộc các quận Ba Đình, Tây Hồ); tập hợp và xây dựng hệ thống dữ liệu chuẩn bị cho Dự án nghiên cứu tổng thể và đề xuất các giải pháp cho mục tiêu phát triển bền vững các khu vực Cổ Loa, Hồ Tây…

Đồng thời với việc mở rộng các đề tài nghiên cứu là việc nhiều cán bộ của Viện đã tích cực và chủ động tham gia đóng góp ý kiến vào việc khẳng định giá trị lịch sử - văn hoá và trách nhiệm bảo tồn, tôn tạo khu vực Hoàng thành/ Cấm thành Thăng Long; khu vực khai quật Khảo cổ học 18 Hoàng Diệu, khu đàn Xã Tắc (ngõ Xã Đàn, Nam Đồng, Đống Đa). Viện đã mở 3 lớp ngắn hạn bồi dưỡng kiến thức về quản lý văn hoá, di tích danh thắng, tôn giáo tín ngưỡng và nghiệp vụ thuyết minh trên địa bàn Hà Nội; 1 lớp về quản lý và hoà giải thôn làng ở xã Cổ Loa, Đông Anh… cho tổng số gần 400 học viên Hà Nội.

Sau khi đã hội được một số lượng khá lớn các đề tài khoa học và bao quát được nhiều lĩnh vực chuyên môn khác nhau về khu vực Hà Nội, nhận thấy nhu cầu cần phải tập trung xây dựng các đề tài có quy mô lớn hơn và gắn liền giữa nghiên cứu cơ bản với nghiên cứu ứng dụng, Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển đã đề xuất và được chấp thuận triển khai đề tài khoa học độc lập cấp Nhà nước “Xây dựng mô hình quản lý đặc thù các đô thị trực thuộc trung ương thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hoá”, trong đó Hà Nội là đô thị quan trọng nhất trong 5 đô thị được nghiên cứu.

Chọn khu vực Hà Nội làm đối tượng số một để triển khai các hoạt động chuyên môn, hai năm qua Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển đã có được những thành công bước đầu để vươn lên khẳng định mình, tạo lập được vị thế trong hệ thống các cơ quan nghiên cứu khoa học và đào tạo sau đại học của Đại học Quốc gia Hà Nội. Hiện nay, một mặt chúng tôi vẫn tiếp tục “thâm canh” trên địa bàn truyền thống, mặt khác mở rộng triển khai các đề tài nghiên cứu ra khu vực Bắc Bộ, Trung Bộ và Nam Bộ, cả khu vực miền núi phía Bắc đến khu vực biển đảo, vừa trực tiếp chuẩn bị cho Hội thảo quốc tế Việt Nam học lần thứ 3 (năm 2008), kỷ niệm 1000 năm Thăng Long - Hà Nội (năm 2010), vừa hoàn chỉnh chương trình đào tạo thạc sĩ Việt Nam học (đã được triển khai từ năm 2005) và chuẩn bị mọi mặt cho chương trình đào tạo tiến sĩ Việt Nam học (dự định sẽ bắt đầu từ năm 2008).