Theo quy chế của Bộ Giáo dục - Đào tạo, học sinh chỉ được tuyển thẳng vào các ngành có môn thi tuyển sinh trùng với môn đã được giải học sinh giỏi quốc gia. Quy chế xét chọn nguyện vọng 1 bắt đầu từ những học sinh đoạt giải quốc tế, sau đó đến học sinh đoạt giải quốc gia từ giải cao trở xuống, nếu có nhiều người cùng loại giải thì xét từ người có điểm trung bình thi tốt nghiệp cao nhất trở xuống. Các ngành sư phạm chỉ tuyển thẳng thí sinh có môn đoạt giải trùng với ngành đào tạo. Khi xét tuyển thẳng, Bộ Giáo dục - Đào tạo sẽ ưu tiên xét theo nguyện vọng 1 của thí sinh, nếu không được sẽ lần lượt chuyển sang nguyện vọng 2, rồi đến nguyện vọng 3.

Những học sinh diện tuyển thẳng phải nộp hồ sơ cho các Sở Giáo dục - Đào tạo trước ngày 18-6 và trước ngày 20-6. Các sở phải hoàn tất việc chuyển danh sách cùng với hồ sơ về bộ, để bộ công bố kết quả tuyển thẳng trước ngày 30-6-2006.

Đối với những thí sinh không đạt cả 3 nguyện vọng đã đăng ký, Bộ Giáo dục - Đào tạo sẽ xem xét bố trí thí sinh vào những ngành, trường còn chỉ tiêu tuyển thẳng. Thí sinh dự thi ĐH sẽ được cộng điểm thưởng theo các mức: cộng 2 điểm thưởng đối với học sinh đoạt giải nhất; 1,5 điểm cho những học sinh đoạt giải nhì và tốt nghiệp THPT từ loại khá trở lên; học sinh đoạt giải ba sẽ được cộng 1 điểm và đoạt giải khuyến khích là 0,5 điểm. Trường hợp đoạt nhiều giải cũng chỉ được thưởng điểm theo một giải cao nhất.

Do thời gian thực hiện công tác xét tuyển thẳng rất ngắn và nhằm vào thứ bảy và chủ nhât (ngày 17 và 18-6), để bảo đảm đúng tiến độ kế hoạch xét tuyển thẳng (trước ngày 20-6), Bộ Giáo dục - Đào tạo đề nghị các sở cung cấp điểm thi, giấy chứng nhận tốt nghiệp tạm thời cho học sinh ngay sau khi có kết quả tốt nghiệp THPT.

Đồng thời, bố trí cán bộ làm việc ngoài giờ để tiếp nhận hồ sơ đăng ký tuyển thẳng của học sinh; kiểm tra kỹ hồ sơ, đối chiếu các môn đạt giải với nguyện vọng tuyển thẳng, chỉ được tuyển thẳng vào các ngành có môn thi tuyển sinh trùng với môn đạt giải.

Riêng các ngành sư phạm chỉ tuyển thẳng học sinh có môn đạt giải trùng với ngành đào tạo, giải Tin học chỉ được tuyển thẳng vào ngành đào tạo tương ứng với môn đạt giải.