Nhà trường đang tập trung cao độ nguồn lực và trí tuệ, nêu cao truyền thống, phát huy sức mạnh tổng hợp, giữ vững thế ổn định, phát triển nhanh, mạnh và vững chắc thế mạnh khoa học cơ bản, chú trọng các hướng ứng dụng và công nghệ đặc thù, tạo ra bước chuyển biến quan trọng về chất trong đào tạo, đổi mới mạnh công tác quản lý theo hướng hiện đại, thiết thực và hiệu quả, tăng cường chủ động cho các đơn vị với mục tiêu: “Phấn đấu xây dựng và phát triển Trường ĐHKHTN theo định hướng trở thành trường đại học nghiên cứu tiên tiến, có chất lượng cao trong đào tạo và nghiên cứu khoa học, ngang tầm các trường đại học tiên tiến trong khu vực; phục vụ đắc lực và hiệu quả công cuộc công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước và sự nghiệp phát triển kinh tế, văn hoá - xã hội của thủ đô Hà Nội”.

Để thực hiện mục tiêu trên, Nhà trường phải là một cơ sở đảm bảo dân chủ gắn với tăng cường kỷ cương, giữ vững ổn định chính trị, xây dựng khối đoàn kết nhất trí trong nhận thức và trong hành động, từng bước gắn công tác giáo dục chính trị tư tưởng cho cán bộ và sinh viên với những hoạt động chuyên môn, giáo dục đạo đức nghề nghiệp, mạnh dạn đổi mới, xây dựng Trường ĐHKHTN theo hướng hiện đại và chất lượng cao. Cần chuẩn bị tốt tiền đề cho việc triển khai hoạt động của Trường ĐHKHTN những năm tiếp theo tại Hoà Lạc.

Trước hết, cần tập trung nâng cao chất lượng đào tạo. Tiếp tục đổi mới nội dung, chương trình, phương thức tổ chức và quản lý, phương pháp giảng dạy, thực tập, thực hành và phương pháp kiểm tra, đánh giá nhằm tạo ra một bước chuyển về chất lượng đào tạo của các loại hình, các bậc đào tạo. Đẩy nhanh tiến trình đào tạo theo tín chỉ , gắn đào tạo với nhu cầu và yêu cầu phát triển của nền kinh tế xã hội trong giai đoạn mới.

Tiếp tục hoàn thành công tác biên soạn, biên dịch giáo trình, đáp ứng nhu cầu sinh viên và học viên cao học. Tăng cường sách tham khảo, chuyên khảo và các cơ sở học liệu khác. Đẩy mạnh công tác cải tiến và đổi mới phương pháp giảng dạy đại học và sau đại học. Hoàn thiện chương trình và quy trình đào tạo nguồn cán bộ khoa học tài năng ở bậc đại học và sau đại học. Đổi mới quản lý và tổ chức đào tạo hệ THPT chuyên. Tăng cường đầu tư chiều sâu các giảng đường hiện đại theo các mục tiêu đa dạng như: phòng học đa phương tiện, phòng học ngoại ngữ, phòng học chuẩn, phòng thí nghiệm cơ bản, chuyên đề... Cải tiến công tác quản lý đào tạo nhằm nâng cao tính hiệu quả, khoa học, đảm bảo nghiêm túc các quy định, quy chế của Bộ Giáo dục và Đào tạo, của Đại học Quốc gia Hà Nội.

Tiếp tục phát huy thế mạnh của Trường, nâng cao chất lượng của các công trình NCKH cơ bản bằng cách khai thác và sử dụng có hiệu quả các thiết bị hiện đại. Phấn đấu để có nhiều công trình được đăng trên các tạp chí quốc tế hoặc báo cáo tại các hội nghị khu vực và quốc tế.

Triển khai hoạt động có hiệu quả Công ty TNHH Khoa học Tự nhiên, khuyến khích nghiên cứu ứng dụng và phát triển công nghệ. Tập trung vào một số công nghệ mũi nhọn như: công nghệ sinh học, công nghệ môi trường, công nghệ vật liệu mới. Ưu tiên và tạo điều kiện cho các đề tài, dự án phục vụ sự phát triển kinh tế - xã hội (đặc biệt phục vụ công, nông nghiệp, y tế, sự phát triển của Thủ đô, ...) và có đầu ra dưới dạng các hợp đồng tiêu thụ sản phẩm.

Xây dựng nhanh và thành công bước một bảo tàng thiên nhiên trên cơ sở các bảo tàng sinh học, địa chất... Hoàn thiện cơ chế quản lý các hoạt động KHCN, đưa tin học vào công tác quản lý KHCN. Phát huy vai trò của các Trung tâm NCKH. Các trung tâm này phải là cầu nối giữa nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng và phát triển công nghệ; phải phục vụ đắc lực cho việc thực hiện nhiệm vụ chính trị của Nhà trường. Phấn đấu mỗi trung tâm, mỗi bộ môn phải trở thành các đơn vị chủ lực trong việc thực hiện các đề tài NCKH, tổ chức sinh hoạt khoa học thường xuyên. Đề tài luận văn thạc sĩ, tiến sĩ phải được gắn liền với nội dung của các đề tài, dự án NCKH.

Tiếp tục chỉ đạo công tác đối ngoại và hợp tác quốc tế nhằm đạt được hiệu quả cao, hỗ trợ đắc lực cho hoạt động KHCN và đào tạo. Hoàn thiện quy định về quản lý hoạt động KHCN và hoạt động đối ngoại, hợp tác quốc tế và mối quan hệ giữa các mặt này.

 Mở rộng hợp tác với nhiều đối tác khác nhau và với nhiều hình thức khác nhau, chú trọng mối liên kết giữa đào tạo và NCKH. Thông qua các dự án quốc gia và quốc tế, tiếp tục đầu tư chiều sâu các phòng học chuẩn, các phòng thí nghiệm hiện đại, thư viện điện tử, sách giáo khoa và các cơ sở dữ liệu phục vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học. Thực hiện tốt việc ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động và công tác quản lý của Nhà trường.

Vận dụng tốt cơ chế tự chủ tài chính, tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển của Nhà trường.

Thực hiện thành công Dự án thành phần QG HN-07 xây dựng cơ sở mới của Trường ĐHKHTN và Khoa Sư phạm tại Hoà Lạc.

Được sự quan tâm đặc biệt của Đảng và Nhà nước, dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Thành phố Hà Nội, của Bộ Giáo dục và Đào tạo, và sự chỉ đạo trực tiếp của ĐHQGHN, Trường ĐHKHTN đã cùng với toàn thể cán bộ công chức, sinh viên toàn Trường vượt qua nhiều khó khăn, thách thức đạt được những thành tích nổi bật. Năm 2007 sẽ là mốc then chốt trong quá trình phát triển của Nhà trường - quá trình đổi mới giáo dục đại học và hội nhập với khu vực và quốc tế - chắc chắn sẽ có nhiều thời cơ, vận hội và thách thức mới. Cán bộ và sinh viên Trường ĐHKHTN quyết giữ vững danh hiệu đơn vị Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới mà Đảng và Nhà nước phong tặng, để đóng góp xứng đáng vào sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước, phục vụ thiết thực, có hiệu quả sự nghiệp phát triển kinh tế, văn hoá của thủ đô Hà Nội.