Năm học 2008-2009, hệ THPT chuyên Trường ĐHKHTN có 450 học sinh khối 12, trong đó tỉ lệ các học sinh đạt học lực xuất sắc và giỏi của Khối chuyên Toán - Tin là 99%, Khối chuyên Vật Lý là 100%, Khối chuyên Hóa học là 92%, Khối chuyên Sinh học là 99%.

Bên cạnh đó, học sinh của hệ cũng đạt được nhiều giải cao tại các kỳ thi học sinh giỏi quốc gia, quốc tế: 1 huy chương bạc tại kỳ Olympic Vật lý Châu Á - Thái Bình Dương; 3 giải nhất, 9 giải nhì, 18 giải ba, 7 giải khuyến khích trong kỳ thi học sinh giỏi quốc gia; 3 học sinh có tên trong 3 đội tuyển thi Olympic Quốc tế các môn Toán, Vật lý, Sinh học...

Cùng với những thành tích trong học tập, học sinh của hệ THPT chuyên Trường ĐHKHTN đã tham gia tích cực các hoạt động ngoại khóa, văn thể như bóng đá, cầu lông, đá cầu, các đợt đi dã ngoại thực tập...

Thay mặt cho lãnh đạo ĐHQGHN, GS.TS Nguyễn Hữu Đức - Phó giám đốc đã ghi nhận và biểu dương những kết quả mà học sinh của hệ đạt được trong năm học vừa qua. Phó giám đốc đã trao Bằng khen cho 5 học sinh có thành tích xuất sắc trong các kỳ thi học sinh giỏi quốc gia và Olympic quốc tế.

Tại lễ bế giảng, lãnh đạo Trường ĐHKHTN cũng khen thưởng cho 22 học sinh khối 12 có thành tích xuất sắc toàn khóa học 2006 - 2009, 23 học sinh có điểm cao nhất trong năm học 2008-2009, 37 học sinh đạt giải trong kỳ thi học sinh giỏi quốc gia, 10 học sinh khắc phục khó khăn vươn lên học tốt, 20 học sinh là cán bộ Đoàn cán bộ lớp tích cực…