Đợt 2 năm 2009, ĐHQGHN có 13 đơn vị tổ chức tuyển sinh sau đại học, trong đó có 9 đơn vị tuyển sinh đào tạo ở cả hai bậc thạc sĩ và tiến sĩ. Kỳ thi diễn ra tại 6 điểm thi gồm: Trường ĐHKHTN, Trường ĐHKHXH&NV, Trường ĐH Kinh tế, Trường ĐH Công nghệ, Trường ĐH Ngoại ngữ và ĐHQG TP.HCM (tổ chức cho các chương trình liên kết với các trường đại học phía Nam). Trong cả 3 ngày diễn ra kì thi, mọi công tác liên quan đến kì thi đều được thực hiện nghiêm túc, an toàn, không xảy ra các sự cố lớn liên quan tới đề thi, thí sinh dự thi, cán bộ coi thi. Các số liệu cơ bản về tình hình tổ chức thi tuyển như sau:

Số thí sinh dự thi: 4.543 thí sinh (đạt 85% so với số thí sinh ĐKDT).

Số dự tuyển đào tạo thạc sĩ: 4.253 (đạt 85% so với số thí sinh ĐKDT).

Số dự thi lấy Chứng chỉ Ngoại ngữ: 290 (đạt 84% so với số thí sinh ĐKDT).

Số thí sinh bị kỉ luật: 49 thí sinh (chiếm 1,1%), trong đó có 40 thí sinh bị đình chỉ, 2 thí sinh bị cảnh cáo, 7 thí sinh bị khiển trách và 1 thí sinh đến muộn không được dự thi.

Dự kiến công tác công tác chấm thi sẽ hoàn thành trước ngày 17/9/2009 và điểm thi tuyển sinh sẽ được công bố trước ngày 24/9/2009.